1、有害生物种群增加、病虫害加重、土传病害逐年加重。由于连年种植某种作物造成某一种或几种土传病害病原菌逐年增加，往往导致烂根、死棵，加重了病害的防治难度。另外，一些未腐熟的有机质含有线虫等，也造成了线虫在土壤中越积越多。通常针对土传病害采取土壤消毒、灌根等措施，但土壤消毒存在消毒不彻底或将有益微生物也直接杀死等现象，打破了菌群平衡。
2、作物产量下降、品质变差 重茬危害重，导致土壤养分、物理性质、微生物菌群等发生变化，影响作物对土壤养分的吸收、病菌侵袭等引起猝倒、青枯死苗和成熟期早衰，从而影响作物产量和品质，严重的几乎绝产。
3、土壤性质变坏，土壤盐渍化或酸化。土壤中逐年积累过多的盐分对土壤营养元素的抑制作用和对作物根系的毒害作用，直接影响对土壤营养和水分的吸收。使作物吸水困难, 根系生长不良，抗逆性减弱, 由于养分不均衡造成缺素症、生理性病害严重，因此才会过量使用农药、化肥以及除草剂，加剧了土壤的板结。
4、营养元素缺失或失衡。由于作物对某几种营养元素的偏好，连作造成土层中喜好元素的缺失。另外，磷钾肥的重施造成中微量元素的固定，从而产生多种缺素症状；降低植株免疫力，从而利于土传病害侵染，加重病害发生。
辣椒、西瓜、蔬菜、药材等作物重茬危害解决办法
1、使用秸秆还田和充分发酵的有机肥增加土壤的有机质，并减少化肥的使用量，改良土壤。
2、通过营养均衡，正确使用大量元素、中微量元素、有益元素、生命元素以及其他营养物质，恢复土壤养分的平衡状态。
3、配合使用益富源土壤改良剂，增加土壤中有益菌群的数量以及改善微生物和植物的生长环境。
4、在植株生长的关键期，通过液肥的方式补充植物所需的营养，改善植株的生长条件。
5、通过松土、除草、打杈等人为胁迫农业措施，结合均衡营养的施用，获得植物的抗性，从而减少病、虫、草害，提高辣椒的营养品质和风味。
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